Для скрытия версии nginx в /etc/nginx/nginx.conf добавте server_tokens off; находися это в секции http:
http {
    #не показывать возраст Nginx =)
    server_tokens   off;
}
Вот что надо сделать для скрытия версии PHP:
1) В файл /etc/php.ini добавить expose_php = Off. И да прибудет счастье! =)
2) Если желаете отключить заголовок X-Powered-By: PHP/5.3.3 только для определённого хоста, то добавьте php_flag[expose_php] = off в соответствующий конфигурационный файл в/etc/php-fpm.d/.
[my-host-pool] php_flag[expose_php] = off
А еще можно поиздеваться над теми кто хочет много знать так:
<?php
error_reporting(0);
header("X-Powered-By: ASP.NET");
?>comments powered by HyperComments